Organo mayor o de tribuna
El órgano de tribuna fue construido en 2012 por la firma suiza Metzler Orgelbau AG. Se trata de un instrumento de estética sonora barroca interregional, que recoge en una síntesis muy equilibrada los elementos más significativos de las diversas escuelas de organería europeas del período barroco. Dispone de 56 juegos repartidos en tres teclados manuales y pedales.
Órgano de coro
El órgano de coro, obra de Juan Carlos Castro († 2018), acabada por Óscar Laguna en 2019, es de estilo romántico francés. Sus características lo hacen especialmente idóneo para el acompañamiento del canto de la salmodia monástica. Dispone de 16 juegos repartidos en dos teclados manuales y pedales.
